Пермская Духовная семинария, основанная в 1800 году, являлась одним из старейших учебных заведений Урала. К началу ХХ в. комплекс зданий Духовной семинарии занимал весь квартал от Соборной площади до улицы Красноуфимской (Куйбышева).

До закрытия семинарии в 1918 году в ней получили образование около трех тысяч человек; среди них: Архиепископ Орловский Иннокентий (Коровин-Сельнокринов), Епископ Олонецкий Палладий (Пьянков), Епископ Екатеринбургский Иона (Капустин), историки: протоиереи Евгений Попов и Александр Луканин, священник Иаков Шестаков; математик священник Иоанн Первушин, изобретатель радио А. С. Попов, «дедушка пермского прогресса» П. Н. Серебренников, писатели Д. Н. Мамин-Сибиряк и П. П. Бажов и др. Более 30 выпускников семинарии ныне прославлены в лике Святых Новомучеников и Исповедников Российских.

Одним из самых известных воспитанников Пермской семинарии был архимандрит Антонин (Капустин) – начальник Русской Духовной Миссии в Иерусалиме на протяжении почти 30 лет. При деятельной поддержке супруги Императора Александра II, Императрицы Марии Александровны, ему не только удалось предотвратить закрытие Миссии, но и расширить русское присутствие на Святой Земле.

Архимандрит Антонин был одним из инициаторов создания Православного Палестинского общества, вскоре получившего статус Императорского. Возглавил общество сын Императрицы Марии Александровны, Великий Князь Сергей Александрович. Под его руководством Палестинское общество достигло больших успехов и основательно укрепило влияние России на Святой Земле.

В 1918 году ректора Пермской Духовной семинарии архимандрита Матфея (Померанцева) в его квартире посетил находившийся в ссылке в Перми Великий Князь Михаил Александрович. Известно, что Великий Князь рассматривал возможность переезда в этот дом, располагавшийся на углу улиц Монастырской и Красноуфимской. Кроме того, в дневнике Великого Князя встречаются упоминания о прогулках по Архиерейскому саду.

В 1919 году семинария была закрыта и возобновила свою работу только спустя 90 лет, в 2009 году, но уже в новом здании – на шоссе Космонавтов.