11 ноября 1800 года в Перми епископ Иоанн торжественно открыл духовную семинарию. На рубеже 20-х – 30-х годов XIX века для семинарии было построено новое каменное здание напротив Спасо-Преображенского кафедрального собора. Среди воспитанников семинарии – выдающиеся церковные деятели, писатели, ученые: архиепископ Волынский Иннокентий, изобретатель радио Александр Попов, сказочник Павел Бажов, бытописатель Урала Дмитрий Мамин-Сибиряк, начальник Русской духовной миссии в Иерусалиме архимандрит Антонин, священник и математик Иоанн Первушин…

Архимандрит Антонин возглавил в Иерусалиме Русскую духовную миссию в 1865 году и руководил ей почти 30 лет. Миссия заботилась о русских паломниках и об укреплении православия в Святой Земле. Антонину покровительствовала супруга Императора Александра II, Императрица Мария Александровна. При ее деятельной поддержке наш земляк отстоял существование Русской духовной миссии, предотвратил угрозу ее закрытия.

Отец архимандрит неутомимо занимался приобретением земельных участков и развитием инфраструктуры русского присутствия в Палестине. Среди прочего, усилиями Антонина были созданы Горненский женский монастырь в местечке Эйн-Карем в окрестностях Иерусалима и Спасо-Вознесенский женский монастырь на Елеонской горе, где созидателя Русской Палестины впоследствии похоронят.

В начале 80-х годов XIX века отец Антонин становится одним из инициаторов создания Православного Палестинского общества, вскоре получившего статус Императорского. Возглавил общество сын Императрицы Марии Александровны, Великий Князь Сергей Александрович. Под его руководством Палестинское общество достигает больших успехов и основательно укрепляет влияние России в Святой Земле.

В 1918 году ректора Пермской духовной семинарии архимандрита Матфея в его квартире посетил находившийся в ссылке в Перми Великий Князь Михаил Александрович.
В 1919 году семинария была закрыта и возобновила свою работу только спустя 90 лет, в 2009 году, но уже в новом здании – на шоссе Космонавтов.